Wojnę i okupację przeżyła wraz z mamą w Warszawie, gdzie zastał je wybuch powstania. Po jego klęsce i uwolnieniu z deportacyjnego obozu pracy w Rzeszy zamieszkały w Toruniu, gdzie Halina Bortnowska w 1949 roku złożyła egzamin dojrzałości. Gdy nie została przyjęta na studia biologiczne z powodów politycznych (jej ojciec major Leon Bortnowski był oficerem wywiadu – pracował dla Oddziału II WP; po wojnie osiadł w Wielkiej Brytanii), rozpoczęła naukę w kształcącym katechetki Instytucie Katolickim we Wrocławiu. Po jego ukończeniu studiowała filozofię i teologię na KUL-u (dyplom w 1961) i na uniwersytecie w Louvain (1964). Pracowała jako katechetka, m.in. we Wrocławiu, Lublinie i Krakowie.

Z redakcją miesięcznika „Znak” jest związana od 1960 roku jako redaktorka, sekretarz redakcji, tłumaczka, publicystka. W 1964 roku została, wraz z Jackiem Woźniakowskim, sprawozdawcą z trzeciej sesji Soboru Watykańskiego II. Jej znajomość współczesnej teologii była wykorzystywana w pracach wydawnictwa Znak, w seriach: Teologia Żywa i Perspektywy Soborowe. Redagowała książki Marie-Dominique’a Chenu OP, ks. Hansa Künga, Edwarda H. Schillebeeckxa OP. Na fali odnowy soborowej zaangażowała się w działalność ruchu ekumenicznego (m.in. w latach 1967–1982 uczestniczyła w pracach Światowej Rady Kościołów). Brała udział w Akcji Znaków Pokuty, która w ramach starań o poprawę stosunków polsko-niemieckich prowadziła prace porządkowe na terenie byłych obozów koncentracyjnych w Polsce i ruin w Dreźnie.

Od połowy lat 70. zaangażowana w tworzenie polskiego ruchu hospicyjnego, w tym pierwszego w kraju hospicjum, które powstało w Nowej Hucie. Jej wiedza i doświadczenie, zyskane podczas pięcioletniej pracy wolontariuszki opiekującej się chorymi terminalnie, znalazły wyraz w opracowaniu książki Sens choroby, sens śmierci, sens życia (Znak, 1979, kolejne wydania: 1984, 1993). W 1981 roku została doradcą Komisji Robotniczej Hutników Huty im. Lenina; internowana po wprowadzeniu stanu wojennego. Od 1986 roku członkini Helsińskiej Fundacji Praw Człowieka (przewodnicząca jej Rady w latach 2007–2012). Po 1989 roku współtworzyła Ruch Obywatelski Akcja Demokratyczna, z którego później wyłoniła się Unia Demokratyczna, oraz ruch pozarządowy. Od 1992 roku prowadzi warsztaty dziennikarskie dla młodzieży szkolnej, studentów oraz osób osadzonych w zakładach karnych.

Publicystka znana z łamów „Gazety Wyborczej”, „Tygodnika Powszechnego”, miesięczników „Znak” i „Charaktery”, zaangażowana publicystycznie w najważniejsze kwestie społeczne ostatnich lat: lustrację, bioetykę, stosunki państwo–Kościół. Wydała: Już – jeszcze nie. Całoroczne rekolekcje z Ludźmi Adwentu (Znak, 2005), Wszystko będzie inaczej (wywiad rzeka Jolanty Steciuk, Znak, 2010), Co to, to nie: myślennik Haliny Bortnowskiej (Agora, 2011; na książkę złożyły się fragmenty prowadzonego od lat bloga).

Z mężem Kazimierzem Dąbrowskim, inżynierem konstruktorem, wychowała czworo dzieci z jego pierwszego małżeństwa: Magdalenę, Dorotę, Jana i Antoniego.