Od 1952 roku w Zgromadzeniu Księży Marianów Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny; święcenia kapłańskie otrzymał w 1960 roku po ukończeniu Wyższego Seminarium Duchownego we Włocławku. Przez rok pracował w Grudziądzu jako katecheta szkolny; w latach 1961–1964 studiował na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim, uzyskując dyplom z filozofii. Następnie związał się z redakcją „Tygodnika Powszechnego”, gdzie zajmował się tematyką religijną i społeczną, jednocześnie będąc duszpasterzem akademickim przy krakowskiej kolegiacie św. Anny. W latach 1972–1974 studiował za granicą, m.in. w Instytucie Katolickim w Paryżu. Na prośbę Jerzego Turowicza, nie angażował się w działalność opozycyjną, niemniej brał udział w procesach robotników z Radomia w charakterze męża zaufania; był zaprzyjaźniony z wieloma działaczami opozycyjnymi.

W latach 1979–1991 był redaktorem naczelnym polskiej edycji „l’Osservatore Romano”. W 1991 roku wrócił do redakcji „Tygodnika”, by zostać szefem działu religijnego i asystentem kościelnym pisma. W1994 roku wybrany na generała zgromadzenia Marianów. Po zakończeniu pięcioletniej kadencji, po śmierci Jerzego Turowicza był w latach 1999–2011 redaktorem naczelnym „Tygodnika Powszechnego”. W tym czasie związany z parafią św. Floriana w Krakowie. Od listopada 2011 roku, przestrzega nakazu prowincjała, ograniczając wystąpienia publiczne; wypowiada się wyłącznie na łamach „TP” oraz na spotkaniach autorskich i konferencjach.

Od 2001 roku jest przewodniczącym Kapituły Nagrody Znaku i Hestii im. ks. Józefa Tischnera. W Znaku wydał szereg książek: Rozmowy niedokończone (1974), Notes (1977), trzy tomy Notesu rzymskiego, zawierające korespondencje pisane z Rzymu dla „TP” w latach 1979–1988 (1988, 1989, 1990), Kalendarium życia Karola Wojtyły (1983, 2000), Zrozumieć papieża: rozmowy o encyklikach, przeprowadzone przez Katarzynę Kolendę-Zaleską (2003, 2012), Lepiej palić fajkę niż czarownice (2011), Trzeba czasem zażartować: alfabet księdza Bonieckiego (2011), Vademecum (2012), Zakaz palenia (2014), Abonent chwilowo nieosiągalny (2015), Powroty z bezdroży. Notatki na marginesach Biblii, (2017), Rozmowy o życiu (2018), Testament (2024).