Czas jego studiów na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu Jagiellońskiego i w krakowskim seminarium duchownym przypadł na lata dla Kościoła trudne, kiedy miał miejsce proces kurii krakowskiej (styczeń 1953), przejęcie „Tygodnika Powszechnego” przez Stowarzyszenie PAX (czerwiec 1953), uwięzienie prymasa Wyszyńskiego i proces bp. Kaczmarka (wrzesień 1953), usuwanie wydziałów teologicznych z uniwersytetów. Tischner, po podjęciu decyzji, że zaangażowanie duszpasterskie chce łączyć z pracą naukową, rozwijał wówczas zainteresowania filozoficzne (zwłaszcza filozofią niemiecką) oraz studiował pod kierunkiem ks. prefekta Jana Pietraszko  i ks. dr Karola Wojtyły. Po przyjęciu święceń w 1955 roku kontynuował studia filozoficzne (łącząc je z pracą wikariusza w parafiach), zakończone obroną doktoratu w 1963 roku u prof. Romana Ingardena na Uniwersytecie Jagiellońskim. Wykładając filozofię, najpierw w wyższym seminarium duchownym, później na Papieskim Wydziale Teologicznym (od 1981 Papieska Akademia Teologiczna) w Krakowie, zdobywał kolejne tytuły naukowe aż do stanowiska profesora nadzwyczajnego w 1985 roku. Od 1976 roku wykładał filozofię na Uniwersytecie Jagiellońskim, a od 1980 filozofię dramatu w Państwowej Wyższej Szkole Teatralnej w Krakowie. Jednocześnie pełnił obowiązki duszpasterza inteligencji (przy krakowskiej kolegiacie św. Anny), współpracował ze środowiskami lekarzy, uczonych, artystów, a także, w latach 70., odprawiał msze dla przedszkolaków (w kościele św. Marka w Krakowie).

Zaangażowany w ruch niezależnych inicjatyw kulturalnych, jakie miały miejsce w latach 70. i 80. (m.in. prowadził wykłady w parafii Najświętszego Salwatora w Krakowie). Homilia Solidarność sumień, wygłoszona w katedrze na Wawelu do przywódców NSZZ „Solidarność” 19 października 1981 roku, stała się początkiem jednej z jego najważniejszych książek: Etyki solidarności. Wygłaszał homilie i przemówienia do członków Solidarności podczas I Ogólnopolskiego Zjazdu Delegatów; w latach 80. organizował pomoc dla rolników z Podhala w ramach Solidarności Rolników Indywidualnych. Kapelan Związku Podhalan. Współzałożyciel Instytutu Nauk o Człowieku w Wiedniu (1981).

Z „Tygodnikiem Powszechnym” i „Znakiem” współpracował od połowy lat 60. Pierwszy tekst: Wokół zagadnień etycznych, opublikował w „Tygodniku Powszechnym” w 1965 roku; na łamach „Znaku” debiutował rok później esejem z pogranicza historii i filozofii: Filozofia czeka na wcielenie. Odtąd większość tekstów ogłaszał w wymienionych pismach, książki wydawał przeważnie w Znaku. By wymienić najważniejsze: Świat ludzkiej nadziei (1975), Etyka solidarności (1981), Myślenie według wartości (1982), Nieszczęsny dar wolności (1993), W krainie schorowanej wyobraźni (1997), Filozofia dramatu (wyd. 2, 1998), Spór o istnienie człowieka (1998), Drogi i bezdroża miłosierdzia (1999), Ksiądz na manowcach (1999). Wspomnieć też trzeba dwa wywiady-rzeki: Między Panem a Plebanem (współautorzy: Adam Michnik i Jacek Żakowski, 1995) i Przekonać Pana Boga (współautorzy: Dorota Zańko i Jarosław Gowin, 1998) oraz książkę powstałą na podstawie audycji telewizyjnych: Tischner czyta katechizm (współautor Jacek Żakowski, 1996). Spod pióra ks. Tischnera wyszedł też zbiór gawęd filozoficznych Historia filozofii po góralsku (1997).

Osobie Księdza Profesora i jego pracom filozoficznym są poświęcane Dni Tischnerowskie urządzane corocznie od 2001 roku. Postać zaangażowanego społecznie kaznodziei i przyjaciela wielu osób współtworzących środowisko „TP” i Znaku upamiętnia też Nagroda Znaku i Hestii im. ks. Józefa Tischnera.