Redaktor naczelny miesięcznika „Znak” w latach 1978–1994. Od lat gimnazjalnych członek Sodalicji Mariańskiej, w połowie lat 40. został prezesem SM Akademików w Warszawie. Kiedy władze uznały działalność organizacji kościelnych za nielegalną i wywrotową, Wilkanowicz w październiku 1950 roku został na siedem miesięcy pozbawiony wolności.

Z wykształcenia jest inżynierem mechanikiem; podejmując studia najpierw w Państwowej Wyższej Szkole Budowy Maszyn, a następnie na Politechnice Warszawskiej, zamierzał zostać konstruktorem samolotów i wynalazcą. Po studiach pracował w fabryce traktorów „Ursus”; współprowadził budowę gmachu Ministerstwa Przemysłu i Handlu. Pod koniec lat 40., poszukując możliwości formowania intelektualnego i duchowego, rozpoczął studia filozoficzne na KUL-u, gdzie spotkał m.in. profesorów: Lecha Kalinowskiego, Stefana Swieżawskiego, Mieczysława A. Krąpca OP. Studia łączył z pracą zawodową – najpierw nauczyciela w szkole, potem w Centralnym Zarządzie transportu Ministerstwa Budownictwa Przemysłowego. Nie przypadkiem temat pracy magisterskiej Wilkanowicza obronionej na KUL-u brzmiał: Emancypacja klasy robotniczej według poglądów Emmanuela Mouniera.

W 1957 roku, odpowiadając na zaproszenie Jacka Woźniakowskiego, redaktora naczelnego reaktywowanego po czasie zamknięcia przez władze miesięcznika „Znak”, rozpoczął pracę w „Tygodniku Powszechnym” i „Znaku”. Uczestniczył w zakładaniu Klubów Inteligencji Katolickiej w Krakowie i Warszawie. Stał się cenionym publicystą, m.in. za sprawą ogłaszanych ankiet czytelniczych: Czego oczekujesz po Soborze? Jakich reform pragniesz w Kościele? (ogłoszona w 1962 roku przed rozpoczęciem obrad Vaticanum Secundum), na temat pracy (wymieniał dziesięć cech solidnej pracy, z których każda była w systemie PRL dezawuowana), Dlaczego wierzę, wątpię, odchodzę? (stała się inspiracją do napisania własnej książki: Dlaczego i jak wierzę, wydanej w Znaku w 1969 roku). Kolejne numery redagowanego przez siebie „Znaku” poświęcał tematom społecznym, na przykład relacjom międzypokoleniowym, rozumieniu polskości, odpowiedzi na nauczanie Jana Pawła II, stosunkom polsko-żydowskim i polsko-ukraińskim (tematy w latach 80. nieobecne w prasie reżimowej), miejscu Auschwitz w polskiej pamięci historycznej. Dla wydawnictwa przygotował wraz z redakcją miesięcznika prekursorski wybór tekstów W obliczu wojny. Z prasy polskiej 1939 roku, który opatrzył swoim posłowiem (1984).

W latach 1972–1979 uczestniczył w obradach Duszpasterskiego Synodu Archidiecezji Krakowskiej, powołanego przez kard. Karola Wojtyłę m.in. w celu zaangażowania świeckich w zrozumienie i realizację zmian soborowych w Kościele. Był członkiem wielu instytucji i organizacji kościelnych oraz społecznych: Papieskiej Rady ds. Świeckich, Krajowej Rady Katolików Świeckich, Międzynarodowej Rady Oświęcimskiej, Rady Międzynarodowego Centrum Edukacji o Auschwitz i Holokauście. Zaangażowany w dialog chrześcijańsko-żydowski i chrześcijańsko-muzułmański. Był prezesem Fundacji Kultury Chrześcijańskiej „Znak”, redaktorem serwisu internetowego „Forum: Żydzi – Polacy – Chrześcijanie”. Preambuła do Konstytucji RP z 1997 roku opiera się na tekście, który opublikował w „TP”.

Niewymienione zasługi i pola aktywności redaktora Wilkanowicza przybliża poświęcona mu książka, przygotowana pod redakcją Janusza Poniewierskiego, Pamięć przyszłości. Stefanowi Wilkanowiczowi na początek dziewiątej dekady (2005) oraz wywiad rzeka Chrześcijanin (2009).

Żona, Maria Teresa Trân Thi Lāi-Wilkanowicz (1929–2014), była intelektualistką i działaczką katolicką emigrantką z Wietnamu, przebywającą we Francji. Studiowała literaturę wietnamską w Sajgonie i francuską w Paryżu. Była przedstawicielką Międzynarodowej Federacji Katolickich Intelektualistów Pax Romana w UNESCO. W Polsce zamieszkała w 1964 roku, pracowała jako tłumaczka.